Light Yagami est un lycéen surdoué qui juge le monde actuel criminel et corrompu. Sa vie change du tout au tout le jour où il ramasse par hasard un mystérieux carnet intitulé « Death Note ». Le mode d'emploi inclut dans le carnet indique que la personne dont le nom est inscrit dans ce carnet mourra. D'abord sceptique, Light teste le carnet et découvre que son pouvoir est bien réel. Il rencontre l'ancien propriétaire du Death Note, un dieu de la mort nommé Ryuk. Celui-ci déclare avoir volontairement laissé tomber son carnet et décide de suivre Light pour noyer son ennui.

Light décide d'utiliser le Death Note pour exterminer les criminels, dans le but d'éradiquer le Mal et bâtir un monde parfait dont il sera le dieu. Il apprend peu à peu à se servir des pouvoirs du cahier. L'utilisateur peut seulement tuer une personne dont il connaît le visage, en y inscrivant son nom. Il peut également en préciser la cause ainsi que les circonstances détaillées, la cause par défaut étant la crise cardiaque.

Les nombreuses morts inexpliquées de criminels à travers le monde attirent l'attention d'Interpol et du mystérieux L, un détective capable de résoudre n'importe quelle énigme, mais dont personne ne connaît ni le visage ni le nom. L décide d'enquêter pour capturer le tueur en série, surnommé par le grand public « Kira » (キラ, « Kira »? dérivé de la prononciation japonaise de "killer"). Entre Light et L, tous deux persuadés d'agir pour la justice, s'engage un combat pour découvrir en premier l'identité de l'autre.

Ce qui suit dévoile des moments clés de l'intrigue.
Light Yagami (夜神月, Yagami Raito?, Seiyū : Mamoru Miyano) est le personnage principal de l'histoire. Né un 28 février 1986, il mesure 179 cm pour 54 kg, groupe sanguin : A. Au lycée, il trouve un Death Note par terre, il a 17 ans à ce moment là. Tout d'abord croyant à une farce puis hésitant à s'en servir, il décida de débarrasser le monde des criminels en les tuant grâce au Death Note. Il entrera par la suite à la prestigieuse université de Tōdai (Japon) où il rencontrera pour la 1re fois physiquement L. Très intelligent, il sera quand même suspecté par L d'être Kira. Entre Light et L, il y aura une compétition pour savoir qui va démasquer l'autre en premier.

L Lawliet (エル・ローライト, Eru Rōraito?, Seiyū : Kappei Yamaguchi) est un enquêteur mythique. Tout d'abord parce que personne ne connaît son visage, mais aussi parce qu'il est capable de résoudre des affaires très difficiles. Il fut donc appelé pour résoudre le mystère de l'identité de Kira. Il se fait appeler Ryuuzaki par les membres de l'équipe de capture de Kira, et Hideki Ryuuga quand il fait semblant d'être étudiant à la fac. Il a comme manie de s'asseoir en s'accroupissant sur les chaises et mange souvent des sucreries (sans grossir pour autant, d'après lui parce que son cerveau travaille), reconnaissable par ses cernes et ses mimiques infantiles. Ses véritables prénom et nom, dévoilé par « Death Note volume 13 (même si la série n'en comporte que douze) : How To Read » sont L Lawliet (prononciation japonaise [ɫoɫɑito], anglaise [lowlajt]). Ce volume 13 nous dévoile aussi de nouvelles informations, que voilà : il est né un 31 octobre 1979, mesure 179 cm (soit la même taille que Light, si L. se met debout correctement évidemment) et pèse 50 kg, ce qui dénote un rapport poids-taille insuffisant, alors qu'on le voit constamment manger. Et il aime les sucreries mais déteste les chaussettes ! L n'hésite pas à provoquer Kira ou à utiliser des criminels (comme hommes de main ou pour pousser Kira à les tuer, ce qu'il fait dès l'épisode deux en sacrifiant un condamné), ce qui cause des frictions avec Light ou d'autres enquêteurs.

Ryuk (リューク, Ryūku?, Seiyū : Shidou Nakamura) fait partie des dieux de la mort. Il n'aime pas le monde des dieux de la mort où il s'ennuie, et lâche donc un Death Note dans le monde des humains car il en possède deux. Il est obligé de garder un exemplaire avec lui. Accro aux pommes en provenance de la Terre, bien juteuses (de là où il vient, il dit qu'elles sont sèches) , il est là en tant qu'observateur, sauf si une circonstance le pousse à agir (en général parce que s'il n'agissait pas, la situation serait moins intéressante de son point de vue). Il reste neutre par rapport aux événements et n'aidera jamais Light.

Misa Amane (弥海砂, Amane Misa?, Seiyū : Aya Hirano) est une fille dont les parents ont été tués par un cambrioleur depuis abattu par Kira. Elle lui en est donc très reconnaissante, ce qui fera qu'elle tombera amoureuse de Light. Comme lui, elle possède un Death Note(donc le deuxième Kira) qui lui a été donné par un dieu de la mort : Rem. En effet ce Death Note appartenait à un dieu de la mort, Jeras, qui a outrepassé ses droits en sauvant Misa grâce à son Death Note et qui en est mort. Rem estime donc que le Death Note revient de droit à Misa. Misa ferait presque n'importe quoi pour Light. De plus contrairement à Light, elle a sacrifié par deux fois la moitié de son espérance de vie pour avoir les yeux qui lui permettent de connaître le vrai nom de quelqu'un ainsi que son espérance de vie rien qu'en le regardant. Misa est une mannequin (une Idol アイドル = starlette), elle est très appréciée et arbore un style vestimentaire axé « gothic lolita » et punk.

Rem (レム, Remu?) est une déesse de la mort venu sur Terre pour donner un Death Note à Misa. Très protectrice envers cette dernière elle fait tout pour la rendre heureuse. C'est parce qu'elle l'a promis à un autre dieu de la Mort (qui a été détruit après avoir sauvé Misa. En fait, il est interdit, chez les dieux de la mort, de protéger un humain, ce qui lui arrivera après avoir compris le plan de Light).

Kyosuke Higuchi (火口 卿介, Higuchi Kyōsuke?) est quelqu'un de haut placé au sein du groupe Yotsuba, et sans scrupules. Il héritera d'un Death Note(il est donc le troisième Kira) par Remu et agira non seulement comme Kira, mais également tuera ceux dont la mort lui serait profitable. Il est tout de même moins intelligent que le premier Kira, et très ambitieux, ce qui cause des inimitiés avec ses collègues de Yotsuba.

Teru Mikami (魅上 照, Mikami Teru?) est le quatrième Kira. Depuis tout petit il voit le monde entre les bons et les mauvais. Défendant les innocents depuis sa plus tendre enfance, il a accueilli l'arrivée de Kira comme celle d'un dieu descendu sur Terre. Un dieu ayant la même mentalité que lui : les mauvais doivent être éliminés. Fanatiquement dévoué à Kira, il échangera ses yeux avec ceux du shinigami, comme Misa.

Kira (vient de la transcription japonaise de killer) est le nom donné par les médias à celui qui tue les criminels. En réalité il y en a 5 : Light est le premier, Misa la deuxième, Higuchi le troisième et Mikami le quatrième. La dernière est Takada Kiyomi, une journaliste qui est Kira pendant que Mikami fait semblant de l'être. Higuchi est au centre d'une machination imaginée par Light. Quand Light et Misa seront de nouveau surveillés, Light fera en sorte qu'un nouveau Kira naisse en lui donnant un Death Note; il s'agit de Mikami Teru, jeune procureur qui considère Kira comme un dieu. La capture de Kira est au centre de ce manga.

Near (ニア, Nia?, Nate River)Seiyū : Noriko Hidaka, de son vrai nom "Nate River" (ou N) est le véritable successeur de L, élevé dans un orphelinat spécial. Il est plus jeune et a pour manie de réfléchir en manipulant des jouets. Il s'assied étrangement sur les chaises (un peu comme son prédécesseur). Son but deviendra d'infliger une défaite à Kira plus que de le mettre hors circuit (autrement dit le démasquer devant ceux qu'il a trompés).

Mello (メロ, Mero?, Mihael Keehl), Mello a grandi dans un orphelinat spécial ("Wammy's House", fondé par Watari) dans l'optique de succéder à L. Il est le rival de Near et ils se sont séparés après la mort de L car il ne pouvait plus supporter d'être le deuxième après Near et de devoir s'allier à ce dernier. Mello décide donc de trouver Kira par ses propres moyens en rejoignant la mafia et en utilisant des méthodes moins conventionnelles pour trouver Kira avant Near. Vrai nom : Mihael Keehl (ミハエル・ケール, Mihaeru Kēru)